Istana ini pernah hancur karena gempa bumi, beberapa tahun kemudian dibangun kembali di tempat yang sama pada tahun 1856.
Pada masa kolonial, kijang diternakkan yang dagingnya diambil untuk pesta. Saat ini Anda masih dapat melihat dari balik pagar istana 300 ekor lebih kijang berbintik-bintik putih yang berkeliaran di halaman istana.
Setelah kemerdekaan, Istana Bogor dijadikan tempat peristirahatan presiden Soekarno. Saat ini Istana Bogor hanya dipakai untuk menyimpan koleksi seni peninggalan presiden Soekarno berupa 219 lukisan dan 156 seni pahat. Istana Bogor dapat dikunjungi apabila sudah ada ijin khusus. Pusat informasi wisata dapat mengaturnya untuk rombongan wisata atau Anda dapat juga langsung meminta ijin dengan cara menulis surat permohonan yang ditujukan ke Kepala Protokol di Istana Negara Jl. Veteran - Jakarta paling lambat 5 hari sebelumnya. Bila ijin sudah keluar, pusat informasi wisata dapat mengikutkan perorangan yang berminat.